När första världskriget började var den nya flottbasen i Tallinn ännu inte färdig, varför man började placera flottan i Sveaborg. Även i Helsingfors påbörjades fästningsarbeten, vilket innebar att planen från den svenska tiden om befästandet på fastlandet blev verklighet. Sveaborg deltog aldrig i strider under första världskriget, men kejsardömets fall i Ryssland vårvintern 1917 ledde till oroligheter på fästningen.

 

När första världskriget bröt ut fick ryssarna tid att bygga kustfästningar och minera vattenområden i Finska viken. Landstigningshotet mot Sveaborg ansågs vara osannolikt. Det förväntades att tyskarna kunde stiga i land någonstans på den finska västkusten och fortsätta genom Finland till S:t Petersburg. Det byggdes fältbefästningar i Finland från den södra kusten ända upp till Nurmes.

 

Fästningen Sveaborg fick en ny uppgift. Förutom Sveaborgs krigshamn skulle även Helsingfors stad förbli under försvararnas kontroll. Det skulle vara möjligt att utifrån fästningen anfalla flanken av de tyska trupperna när dessa tågade mot S:t Petersburg och avbryta samarbetet mellan dessa trupper och den tyska flottan. Landfronten byggdes ut och samtidigt började man bygga ännu mer hållbara fästningsanläggningar. Den nya försvarslinjen byggdes på tio kilometers avstånd från krigshamnen. När kriget fortskred och tyskarnas anfall dröjde byggdes en tredje fästningszon på stadens norra och östra sida.

 

Under krigsåren fanns det cirka 25 000–30 000 sjömän på fartygen i Sveaborgs krigshamn. På Sveaborg, i Helsingfors och dess närområden fanns det dessutom cirka 15 000 soldater.

 

Enligt fredsfördraget i Brest-Litovsk som undertecknades i mars 1918 skulle den ryska Östersjöflottan senast i maj 1918 lämna Helsingfors i fyra steg och Sveaborgs krigshamn på Skatudden anslutas till den finska staten.