Venäläinen kausi
Venäjän valta alkaa
Ensimmäiset Venäjän vallan aikaiset valtiopäivät pidettiin Porvoossa vuonna 1809 ja säätyjen vannottua uskollisuutta keisarille tuli Suomesta autonominen suuriruhtinaskunta, jolle taattiin Ruotsin vallalta periytyvä perustuslaki ja säätyjen oikeudet.
Keisari Aleksanteri vieraili kaksi kertaa Viaporissa vuonna 1809, mikä oli osoitus merilinnoituksen nauttimasta arvostuksesta uudessa emämaassaan. Viaporilla oli selkeä tehtävä; sen tuli torjua maihinnousuyritykset etelästä ja toimia laivastotukikohtana. Myös osa Itämeren laivastosta siirrettiin Viaporiin. On huomattava, että Viapori oli nimenomaan venäläinen sotilaskohde, ei suuriruhtinaskunnan osaston tukikohta.
Vuonna 1812 Helsinki julistettiin Suomen uudeksi pääkaupungiksi, mikä voidaan osittain katsoa Viaporin ansioksi. Linnoituksen tunnustettu asema ei kuitenkaan näkynyt käytännössä. Ennen vuosisadan puolivälissä alkanutta Krimin sotaa venäläiset rakensivat Viaporiin kirkon lisäksi lähinnä kasarmeja. Varoja ei riittänyt uusiin linnoituslaitteisiin. Rahan puute vaikutti myös Itämeren laivaston osastoon, jonka varusteiden kunnostus laiminlyötiin.