Suomalainen aika
Viaporin linnoitus ei kuulunut Venäjän vallan aikana hallinnollisesti Suomen suuriruhtinaskuntaan. Suomen itsenäistyttyä 6.12.1917 Viapori jäikin vielä joksikin aikaa venäläiselle sotaväelle, ja hallinto siirtyi suomalaisille vasta keväällä 1918 Suomen sisällissodan aikana.
Sodan loppuvaiheessa valkoiset perustivat Viaporiin sotavankileirin punaisille vangeille, joita oli enimmillään linnoituksessa 8000. Vankileirin aikana punaisia teloitettiin, ja osa heistä kuoli tauteihin linnoituksen huonoissa oloissa. Viimeiset vangit poistuivat maaliskuussa 1919.
Suomalaiselle linnoitukselle uusi nimi: Suomenlinna
Toukokuussa 1918 linnoituksen nimi muutettiin itsenäisen Suomen mukaisesti Suomenlinnaksi, ja linnoitus liitettiin Suomen valtioon. Linnoitukseen sijoitettiin pian puolustusvoimien eri yksiköitä, ja Suomenlinnasta tuli suomalainen varuskunta. Hiljalleen käynnistyivät myös pienimuotoiset kunnostustyöt ja saarille suuntautuva matkailu käynnistyi.
Sodan aikana
Talvisodan sytyttyä vuonna 1939 Suomenlinnassa oli muun muassa ilmantorjunta- ja tykistöjoukkoja. Linnoitus toimi suomalaisen sukellusvenelaivaston tukikohtana. Jatkosodan jälkeen Suomenlinnassa jatkoi toimintaansa vain muutama armeijan joukko-osasto.
Siviilihallintoon
1960-luvun puolivälissä puolustusvoimat ilmoitti luopuvansa linnoituksesta. Suomenlinnan Rannikkotykistörykmentti muutti pois, ja Suomenlinna siirtyi siviilihallintoon vuonna 1973. Puolustusvoimien yksiköistä ainoastaan Merisotakoulu jäi Suomenlinnaan ja toimii vanhalla paikallaan edelleen. Suomenlinnan kunnostustyöt alkoivat, ja rakennuksia alettiin kunnostaa asuinkäyttöön.
Suomenlinna liitettiin Unescon maailmanperintökohteiden joukkoon vuonna 1991.
Suomalaisella kaudella linnoituksesta on kehittynyt yksi Suomen suosituimmista matkailukohteista. Sen lisäksi Suomenlinna on yksi Helsingin kaupunginosista ja noin 800 asukkaan koti sekä noin 400 ihmisen työpaikka.
