Svenskarna hade gett fästningen namnet Sveaborg, vilket i de finländska munnarna snabbt antog formen Viapori (namnet Suomenlinna togs i bruk först 1918 när fästningen övergick i finsk ägo).  Ryssarna beslutade att behålla namnet Sveaborg och använde senare även namnet Krepost Sveaborg – fästningen Sveaborg. Strax efter slutet av det finska kriget föddes till och med planer på att kalla fästningen Alexandria efter kejsaren Alexander.

Det ryska Sveaborg var inte någon del av storfurstendömet Finland utan var fortfarande självständigt.  I ledningen för fästningen satt en kommendant som ansvarade för verksamheten mot S:t Petersburg. År 1812 blev Helsingfors huvudstad för Storfurstendömet Finland, vilket innebar att förvaltningen och universitetet flyttades från Åbo till Helsingfors. Sveaborgs stora betydelse spelade en avgörande roll för beslutet.

Under den ryska perioden hade Sveaborg en viktig uppgift när det gällde försvaret av S:t Petersburg. Fästningens militära betydelse förändrades framför allt i slutet av 1800-talet. Dess huvuduppgift var att upprätthålla ryssarnas makt och närvaro i Helsingfors och å andra sidan utgöra skydd för S:t Petersburg mot landstigningsanfall. Sveaborg ansågs inte längre vara en fästning, utan en kuststation (positsija på ryska).