Ruotsalaiset olivat antaneet linnoitukselle nimen Sveaborg, joka suomalaisten suussa kääntyi nopeasti muotoon Viapori. Venäläiset päättivät säilyttää nimen Sveaborg, josta myöhemmin käytettiin myös muotoa Krepost Sveaborg – Sveaborgin linnoitus. Heti Suomen sodan päätyttyä virisi jopa suunnitelmia linnoituksen nimeämisestä keisari Aleksanterin mukaan Aleksandriaksi.

Venäläinen Viapori ei ollut osa Suomen suuriruhtinaskuntaa, vaan se säilyi itsenäisenä.  Linnoituksen johdossa oli komendantti, joka vastasi toiminnastaan suoraan Pietariin. Helsingistä tuli Suomen suuriruhtinaskunnan pääkaupunki vuonna 1812, mikä merkitsi hallinnon ja yliopiston siirtämistä Turusta Helsinkiin. Viaporin suuri merkitys vaikutti päätökseen.

Venäläisellä kaudella Viaporilla oli tärkeä tehtävä Pietarin suojelemisessa. Varsinkin 1800-luvun lopulla sen sotilaallinen merkitys muuttui. Sen päätehtävä oli ylläpitää venäläisten valtaa ja läsnäoloa Helsingissä ja toisaalta suojata Pietaria maihinnousuhyökkäykseltä. Viaporia ei enää nähty linnoituksena, vaan sitä pidettiin rannikkoasemana (venäjäksi positsija).